Koncepcja kompleksu muzealnego oparta jest na dwóch filarach, którymi są dworek „Milusin” oraz nowy budynek Muzeum z nowoczesną przestrzenią wystawową. Kompleks muzealno-edukacyjny został zaprojektowany tak, aby był nierozłącznie powiązany z domem rodzinnym Piłsudskiego, jego unikatową atmosferą, a także otaczającym go lasem i ogrodem. Z tego powodu – aby nie zdominować wielkością dworku – większa część kubatury nowego Muzeum została ukryta pod ziemią, a część naziemna jest wtopiona w zieleń.

Przestrzenie muzeum to przede wszystkim wnętrza wystawowe ale nie brakuje również przestrzeni edukacyjnych i wypoczynku. W tym wyjątkowym budynku nauka, kultura i wypoczynek idą w parze.

Wnętrza łączą w sobie nowoczesność i tradycję. Wyposażenie choć bardzo nowoczesne nawiązuje do tradycyjnych form.